استفاده از کلر ارزان‌ ترین روش گندزدایی آب و فاضلاب است. کلر برای از بین بردن باکتری‌ ها و سایر میکروب‌ های موجود در ذخایر آب آشاميدني بکار می‌رود. امروزه حتي به ذخایر کوچک آب همواره کلر افزوده مي‌شود. اولین کاربرد کلر در تصفیه آب آشامیدنی، کنترل طعم و بو بوده است. سایر کاربرد های کلر شامل کنترل جلبک‌ها، حذف آهن و منگنز، حذف سولفید هیدروژن و حذف رنگ می‌باشد. کلر به اشکال مختلف از جمله : ترکیبات جامد هيپو کلرت سدیم و پتاسیم و دی‌اکسید کلر گازی در صنعت آب موجود است.

ویژگی‌ های استفاده کلر عبارت است از:

ارزان

به‌جای گذاشتن کلر باقيمانده در آب

کارایی در غلظت‌های پایین

در دسترس بودن به سه صورت:

گاز (گاز کلر)

مايع (هيپو کلرت سديم)

جامد (هيپو کلرت کلسيم)

کلر، علاوه براثر ميکروب‌کشی چند ويژگى‌ مهم ديگر ازنظر تصفیه‌ ی آب دارد، ازجمله : آهن، منيزيوم و هيدروژن سولفيد را اکسید مى‌کند، بعضى اجزاء مولد بو و طعم بد را از بين مى‌برد، از رشد جلبک‌ها و زیستمندهای مولد لجن لزج جلوگيرى مى‌کند و بالاخره به انعقاد آب هم کمک مى‌کند.